Middachten ligt op de overgang van de hooggelegen Veluwe naar de uiterwaarden van de IJssel. Door deze overgangsgradiënt wordt hier een groot aantal biotopen op een relatief klein oppervlak gevonden.
De bossen van de Veluwerand zijn relatief voedselrijk. Het is een belangrijk leefgebied voor het wilde zwijn en de ree. Verder komen hier edelhert, damhert, boommarter, vos en das voor.
Bij natuurliefhebbers zijn het Kooibos en Fasantenbos bij het kasteel bekend. In deze bronbossen komt schoon en kalkrijk kwelwater van de Veluwe aan de oppervlakte. De bodemsamenstelling is hier zeer divers door rivierafzettingen en vervening in het verleden. Er komen typische kwelindicatoren voor als knikkend nagelkruid, gele dovenetel en sleutelbloem. Op de oude hakhoutstoven groeien bijzondere mossen. Nabij het kasteel vindt u stinzeplanten. Het gebied is belangrijk voor amfibieën en vogels en is een rustgebied voor de ree. Daarom is het gebied beperkt toegankelijk. Het beheer van het Kooibos en Fasantenbos is gericht op deze natuurwaarden, waarbij de cultuurhistorische aanleg wordt bewaard.
De Havikerwaard is in de winter een belangrijk foerageergebied voor ganzen. Hier vinden ze genoeg voedsel om hun trek te vervolgen. In de zomer treft u ieder jaar bovenop het kasteel een ooievaar die hier haar jongen grootbrengt.
